امام هادی(ع) پس از شهادت پدر بزرگوارش در محیط پر از خفقان و وحشتی که متوکّل عبّاسی به وجود آورده بود به سختی می زیست.

خلیفه غاصب با حمله به یاران امام(علیه السلام)و ویران ساختن قبر حضرت امام حسین(علیه السلام)، شیعیان را بیش از پیش، دچار رعب و وحشت کرد و امام را از آنان دور ساخت و دستور داد تا آن بزرگوار را به سامرّا آوردند.
متوکّل به وسیله یحیی بن هرثمه، یکی از فرماندهان ارتش خود، نامه ای برای امام فرستاد و سپاهی را با یحیی همراه کرد تا به مدینه روند و خانه امام هادی را بازرسی کنند، بلکه مدرکی بجویند تا آن حضرت را محکوم به توطئه و اقدام علیه دولت کند.

هرثمه می گوید: سرای امام را بازرسی کردم و در آن جز قرآن و دعا و کتب علمی چیزی نیافتم.

هدف متوکّل از احضار امام(علیه السلام) به سامرّا نزد خود و ایجاد فاصله بین ایشان و یارانشان، محو کردن آن حضرت در حاشیه دربار خلافت بود تا در ضمن، آن حضرت را زیر نظر گیرد.
امام(علیه السلام) توجّه داشت که سیاست ستمگرانه آنان به او، روز به روز، تندتر و بیشتر می شود، تا جایی که متوکّل در پایان حکومت خود، به علّت سعایتها و خبرچینی ها بر ضدّ امام(علیه السلام)، ایشان را زندانی کرد.
موضع گیری های اطرافیان متوکل در طرز برخورد او با امام تاثیر بسیاری داشت ؛ یحیی بن اکثم که از دانشمندان بود و در محافل علمی ، از مطرح شدن امام هادی (ع) بیزار بود به متوکّل گفت: دوست ندارم پس از پرسش های من از این مرد چیزی پرسیده شود، زیرا وقتی آشکار گردد که او دانشمند است رافضیان(شیعیان) تقویت می گردند.

با وجود ممانعت های دولت، امام(علیه السلام) با کوشش خستگی ناپذیر و فراوان، پایگاه های مردمی خود را تا سر حدّ امکان تقویت می کرد تا در برابر مشکلات، نیرویی پایدار به دست آورد و مجهّز و آماده باشد.
برای امام هادی(علیه السلام) از راههای پنهانی و آشکار، مبالغی از بابت خمس و زکات و خراج می رسید که آنها را در مصالح عمومی اسلام به مصرف می رسانید تا جنبش و حرکت بیداری مسلمین فرو ننشیند.